Para realizar esto hay que ingresar a la sucursal en la que se desea configurar el logo, esto desde la pantalla de selección de empresa, selñevcionando la empresa a la que se desea ingresar.

Una vez dentro hay que ir a engrane / sistemas

En la ventana General se muestra en la parte inferior Logotipo de la sucursal, con ello ya lo puedes asignar y en tu misma razón social manejar diferentes logotipos.

Se arrastra la imagen o bien se selecciona y listo, lo podrás visualizar en todos tus documentos.